Biodiversidad en Chinandega
La  disminución de las cuencas de sus ríos, el despale de los bosques, tal  es el caso de Cosiguina, la sequía en municipios tales como Villanueva,  Somotillo, Cinco Pinos, Santo Tomás del Norte, San Francisco del Norte,  etc., 
La  región cuenta con 18 ecosistemas naturales entre los cuales están: 5  tipos de bosques (incluye 2 tipos de manglares), 3 tipos de sabanas, 2  tipos de arbustales, 2 tipos de herbazales, 3 tipos de áreas con escasa  vegetación y 3 tipos de ecosistemas acuáticos.
Los ecosistemas particulares del Departamento son:
- Los manglares de la región del Pacífico (Corinto, Jiquilillo, Padre Ramos, etc.)
  - El  Bosque seco tropical ubicado en las faldas de los volcanes que forman  parte de la Cordillera Maribios y El Bosque de La Reserva Natural de  Cosiguina.
Existe  variedad de especies de plantas, una riqueza faunística peligrosamente  en proceso de extinción, especies de peces tales como el Róbalo, Pez  Sierra, Gaspar, Macarela, Pargos, etc. también hay anfibios tales como  Sapos, Ranas, lo cuales no tienen uso alimenticio, la principal amenaza  de estos está representada por la pérdida de su hábitat, derivada  principalmente de la deforestación que se está generando en las zonas  riberinas. 
Aunque  se desconocen las afectaciones por contaminantes, es importante tenerla  en consideración dado que, no existen estudios científicos en  Chinandega concluyentes para valorar la incidencia y dimensión de esta  amenaza. También existen reptiles. 
Algunas  de estas especies han sido presionadas por el comercio interno e  internacional para mascotas y carne tales como la Iguana Verde (peligro  de extinción), garrobos (peligro de extinción, la tortuga, etc. También  hay diversidad de mamíferos los cuales han sido utilizados por muchos  años como fuente de alimento y mascotas entre estos podemos mencionar:  venados, chancho de monte, cusucos, conejos, sahinos, etc. 
En  la región de Chinandega se reporta la existencia de especies de aves de  las más diversas y coloridas, muchas de estas se encuentran entre las  especies amenazadas, particularmente aquellas que son utilizadas como  fuente de alimento (palomas Alas Bancas, palomitas de San Nicolás),  y como especies comerciales (lapas, loras, chocoyos). 
La  degradación de los habitas del Departamento de Chinandega aunada a la  cacería indiscriminada representa la principal amenaza de las aves.
